Missing coverage evidence...
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TCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTAGCAG  >  minE/1509172‑1509233                                                              | tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2821434/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:962092/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:925777/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:832330/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:693370/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:545795/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:52874/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:387190/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3642800/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3617258/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:361217/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:360473/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3562565/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3246015/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3112726/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1074641/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2701026/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:259191/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:25895/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2481023/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2332148/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2315977/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2291883/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:2053129/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1995207/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1683312/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1614841/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1534792/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1327726/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1203847/62‑1 (MQ=255) tCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:1182180/62‑1 (MQ=255) tCAGCCGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTagcag  <  1:3472194/62‑1 (MQ=255)                                                              | TCAGCGGGACAACGTTCAAAACATTTTGTCTTCCATACCCACTATCAGGTATCCTTTAGCAG  >  minE/1509172‑1509233

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑