Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1520370	1520401	32	84 [0]	[0] 43	truA	pseudouridylate synthase I

ATATCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACGG  >  minE/1520308‑1520369                                                              | atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3148301/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3555938/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3524631/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3515202/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3384633/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3381966/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3333432/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3294603/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3276090/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3272507/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3163024/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3589757/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3069906/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2946607/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:290678/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2900652/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2831115/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2830269/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2815534/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2772414/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2712590/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:596534/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:963321/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:914643/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:766505/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:762359/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:754117/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:726992/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:708136/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:706107/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:675280/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:638299/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2663/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:590532/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:574377/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:565430/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:516598/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:419182/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:414831/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3643101/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3639845/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:3595149/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1292830/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1570578/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1555666/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:155318/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1503211/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1499828/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1457398/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1360808/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1348166/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1334564/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1299134/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1601856/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1282027/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1270850/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1270328/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1249740/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1236380/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1227749/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1225926/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1215378/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1033670/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:189811/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2651623/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2644358/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2640327/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2613386/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2593543/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2437563/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2336475/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2311261/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2229609/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:2017229/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1001297/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1888288/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1824973/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1813511/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:176731/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:173749/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1715131/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1682271/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1672314/1‑62 (MQ=255) atatCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACgg  >  1:1615337/1‑62 (MQ=255)                                                              | ATATCTACCACCACATAAGGACCGTGACGCGTGACATTAATATGCATAACGTTGCGCCACGG  >  minE/1520308‑1520369

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑