Missing coverage evidence...
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CAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGT  >  minE/1522071‑1522132                                                              | catgATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1755235/4‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGCCTTTACGCAGCGGt  >  1:2334690/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2845726/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2315373/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2372358/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2490222/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2532833/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2544023/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2556084/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2596261/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2670755/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2756149/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2187570/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:3019959/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:3280064/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:3297334/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:3507394/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:352781/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:372453/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:454054/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:53020/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:716963/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:797155/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:814102/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1603354/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1195666/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1269270/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1286489/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:141131/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:144583/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1447884/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1519137/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:156860/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1579238/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1584263/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1042145/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1658245/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1696592/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1742651/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1814688/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1815052/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1882554/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1894297/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:1904565/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2037672/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2062337/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGt  >  1:2089707/1‑62 (MQ=255) cAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTCTACGCAGCGGt  >  1:3284316/1‑62 (MQ=255)                                                              | CAAGATAGTTTTTGCGCAGTTTATCGAACTCACCCGGTATCCCGGCGACTTTACGCAGCGGT  >  minE/1522071‑1522132

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑