Missing coverage evidence...
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GCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAC  >  minE/1535763‑1535822                                                            | gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3415385/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2597267/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2770958/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2860634/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3001825/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3027984/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3032373/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3086153/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3112254/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2511046/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3630296/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:613806/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:631265/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:640667/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:650560/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:740492/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:7833/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2504484/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:13012/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1319177/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1331937/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1349799/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1351365/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1522601/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1553741/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:118044/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1884464/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1941/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2030357/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2079001/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2347988/60‑1 (MQ=255) gcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:2376216/60‑1 (MQ=255)          gTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1871822/51‑1 (MQ=255)               aCTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:3256795/46‑1 (MQ=255)                       ccAATATGAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAc  <  1:1224242/38‑1 (MQ=255)                                                            | GCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGAC  >  minE/1535763‑1535822

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑