Missing coverage evidence...
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TTCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAC  >  minE/1540740‑1540801                                                              | ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATTGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1249978/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGATCACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1613828/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3342670/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:256737/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2670799/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2716169/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2767257/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2802140/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2811209/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2944255/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3000160/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3089424/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3235720/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3338627/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2537262/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3377712/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3477659/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:3500940/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:416178/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:463517/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:617900/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:630418/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:659264/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:86640/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:868793/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1882135/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:139172/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1488914/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1526743/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1533858/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1659903/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1664011/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1720012/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1771385/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1801593/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1820173/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2551274/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1885215/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:1979266/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2019209/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2239023/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2349876/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2396291/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2459902/62‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2462886/62‑1 (MQ=255)      gTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2366817/57‑1 (MQ=255)           tgATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAc  <  1:2129545/52‑1 (MQ=255)                                                              | TTCCAGTTTGTGATCGTCCGGAACGATAGAACACACTGAGTCTTCAATGGTGCCGTAAAAAC  >  minE/1540740‑1540801

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑