Missing coverage evidence...
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TCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAG  >  minE/144098‑144159                                                              | tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2369400/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:820010/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:758751/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:3537228/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:3331568/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:3185250/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:3013025/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2981593/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2915057/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2907618/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2867554/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2823897/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2782960/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2384146/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2375379/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1103369/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1509784/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1183288/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1225588/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1340736/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1361649/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1412805/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1413359/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2332818/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:1535350/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2043061/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2100607/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:218997/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2201901/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2263890/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:2325786/62‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATGCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATCAAg  <  1:3558380/62‑1 (MQ=255)        tCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAg  <  1:3237235/55‑1 (MQ=255)                                                              | TCGCCTTTCGGCAACGCAGGCGCATGATTCTGCTTGGAAAGTTTAGCGCCTTGTGGATTAAG  >  minE/144098‑144159

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑