Missing coverage evidence...
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AGTACGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAACC  >  minE/1681731‑1681793                                                               | cataCGCACACCTGGCGCTAATTCAA‑GGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:425588/60‑1 (MQ=255) cataCGCACACCT‑GCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2369104/60‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGATTCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1042307/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3546154/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2754974/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2760118/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2939851/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3079354/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:337599/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3380970/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3400493/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3510625/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2749085/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3558152/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:388009/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:426529/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:604105/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:694924/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:885701/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:935054/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:959153/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1865570/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:126181/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1262611/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1431456/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1542731/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1557228/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1558891/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1610195/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1685758/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:269216/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:1961725/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2043617/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2145770/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2247729/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2291751/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2338586/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2341005/61‑1 (MQ=255)  ataCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:2375157/61‑1 (MQ=255)   taCGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAAcc  <  1:3590110/61‑1 (MQ=255)                                                               | AGTACGCACACCTGGCGCTAATTCAACGGCTGCGGGTGAATCGCTGACCAGTTCAAGCAAACC  >  minE/1681731‑1681793

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑