Missing coverage evidence...
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GACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACG  >  minE/1724963‑1725023                                                             | gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2641683/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:868299/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:663305/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:544721/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:453955/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:384724/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:3640344/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:3636121/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:3634563/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:351617/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:339969/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:3200105/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:3133790/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2954064/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2835475/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2824222/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1097067/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2509312/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2442157/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:242953/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2418674/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2169900/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2087731/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:2061632/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1967133/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1640591/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1527564/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1442056/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1275668/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1139793/1‑61 (MQ=255) gACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACg  >  1:1121106/1‑61 (MQ=255)                                                             | GACCAGGGCGTGGAAATCTTCCAGGCCCGTGCGTCCGGTCAGCAGGTCACTCATATGCACG  >  minE/1724963‑1725023

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑