Missing coverage evidence...
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TGCAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCA  >  minE/1732906‑1732969                                                                | tGCAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACT‑‑ACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:745877/62‑1 (MQ=255) tGCAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACT‑‑ACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:741697/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCATATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:854713/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3276650/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2490302/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2613731/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:26178/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2740386/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2786056/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:281470/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2907993/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3005291/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3040937/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3226582/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3230007/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3249519/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2407831/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3511512/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3515181/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:3627221/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:377005/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:400759/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:447823/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:785124/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:885541/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1702614/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1119493/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1142911/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1161418/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1302001/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1341417/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1348845/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1365067/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1429016/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1505572/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1616395/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1658315/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1109626/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1933012/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1956373/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1986032/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2043839/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2095031/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2109276/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2239518/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2323578/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:2359793/62‑1 (MQ=255)   cAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCCCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:178293/62‑1 (MQ=255)    aGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1713683/61‑1 (MQ=255)       cATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCa  <  1:1531594/58‑1 (MQ=255)                                                                | TGCAGCCATTCAGATTAGCCCTTACATCTCCCCAAAACTGAACGTGCGAGTTATTGAGGGTGCA  >  minE/1732906‑1732969

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑