Missing coverage evidence...
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CTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTA  >  minE/1755046‑1755107                                                              | cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3647356/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2753508/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2954198/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3040269/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3108715/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3214308/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3328126/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3586511/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:3632698/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2672643/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:406793/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:468996/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:507325/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:539486/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:734258/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:737790/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:833505/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1033431/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2610804/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2557146/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2503425/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2263566/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2137149/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2061652/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2028002/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:2005427/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1835293/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1822086/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1655350/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1508890/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1505516/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1334709/1‑62 (MQ=255) cTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa  >  1:1193928/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTA  >  minE/1755046‑1755107

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑