Missing coverage evidence...
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GCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATT  >  minE/1806583‑1806644                                                              | gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCTCTAtt  <  1:637652/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCtttt  <  1:3225009/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2566600/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:877023/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:688515/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:490406/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:373421/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:37203/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:369033/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:3505176/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:3348790/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:3264851/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:3210964/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:273873/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2725571/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1072399/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2210770/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2087557/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2024639/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1834253/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1815235/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1762266/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1642667/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1587473/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1535162/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:140958/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1220718/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1214861/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1206235/62‑1 (MQ=255) gcAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:1159012/62‑1 (MQ=255)  cAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:2496472/61‑1 (MQ=255)                 ctgctTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTAtt  <  1:431002/46‑1 (MQ=255)                                                              | GCAACTTCACCATCGGCTGCTTGTGTATCAGCCTCGCGTATATGCTCTACTTCGGCGCTATT  >  minE/1806583‑1806644

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑