Missing coverage evidence...
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GGATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGCTC  >  minE/1829181‑1829242 |                                                              ggATGGTACGCGAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:1224724/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCATTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:791381/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:3571858/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:2961599/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:3003317/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:3088934/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:3091891/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:313927/62‑1 (MQ=255) ggATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGctc  <  1:3206547/62‑1 (MQ=255) 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|                                                              GGATGGTACGCAAATGTCTTTGCTGTCAGTACCAGAAGAAACTTCGCCTGCGGTCGAAGCTC  >  minE/1829181‑1829242

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑