Missing coverage evidence...
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GCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCA  >  minE/1851993‑1852054 |                                                              gCCTATTAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:201721/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGTGca  <  1:3378973/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3375089/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2296712/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2333796/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2381088/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2442775/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2472004/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2802160/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:282356/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3057953/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3150120/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3204673/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2294383/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3453542/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3548264/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:3551906/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:513916/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:533917/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:791682/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:818911/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:899683/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:956096/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:99697/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2213895/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1089315/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1169522/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1232239/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1259612/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1324745/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1437258/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1494772/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1545806/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1569538/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1650483/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1745042/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1787363/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1826039/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1932221/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:199494/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2123677/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2161848/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2163135/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:2171458/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGca  <  1:1011672/62‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACAAGTCTAATTTGCGca  <  1:1029746/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCA  >  minE/1851993‑1852054

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑