Missing coverage evidence...
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TCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATT  >  minE/1969689‑1969749 |                                                             tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:721014/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3435303/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3464652/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:360296/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:504770/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:506316/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:574809/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:615528/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:659397/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1108278/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:725700/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:760890/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:863267/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:867534/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:946802/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:954216/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:977635/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:2001436/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1009869/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1139781/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1354515/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1609512/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:162384/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1648261/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1667025/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1668963/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:1946706/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3199268/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:2285303/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:257046/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:2651361/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:2733719/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:2954969/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3077176/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGCCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3342258/61‑1 (MQ=255) tCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTCACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCAtt  <  1:3205925/61‑1 (MQ=255) |                                                             TCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGACATGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATT  >  minE/1969689‑1969749

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑