Missing coverage evidence...
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TAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTTC  >  minE/1983478‑1983539 |                                                              tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCTACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1456985/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:332813/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2242207/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2254333/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2439179/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2586218/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2590179/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2611321/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3084532/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3105379/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3192466/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3312261/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1067155/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3376919/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3416777/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3418431/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3457130/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3545667/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:3586734/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:426378/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:888228/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:997594/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1534747/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:105889/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1104050/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1229856/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1235471/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1276064/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1337189/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1355406/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:14069/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1414107/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1606848/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1703953/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1761993/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1808722/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1834248/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1976458/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:1978652/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2191002/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2227249/62‑1 (MQ=255) tAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCAGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTtc  <  1:2230412/62‑1 (MQ=255) |                                                              TAAAGTCGCCATTACCGCGCCGCCGGTTGACGGCCAGGCCAACAGTCATCTGGTGAAGTTTC  >  minE/1983478‑1983539

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑