Missing coverage evidence...
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TATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGGCGC  >  minE/183333‑183394 |                                                              tATCCGCACACGCAGGTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1030122/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:964384/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1009306/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:760138/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:57056/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3610701/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3485199/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3246029/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3218598/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3095491/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2836430/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2583566/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2539896/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2422346/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2420651/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:2215089/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1629236/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1626860/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1503363/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1470815/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:140834/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1133079/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:111182/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1071751/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:103709/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcga  >  1:1959296/1‑61 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgc    >  1:61852/1‑60 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGAAGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:3374812/1‑62 (MQ=255) tATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGAGGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGgcgc  >  1:1466737/1‑62 (MQ=255) |                                                              TATCCGCACACGCAGCTGGTTGCGGGTGTGGATGAAGTCGGACGCGGGCCGTTAGTTGGCGC  >  minE/183333‑183394

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑