Missing coverage evidence...
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GGGTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACG  >  minE/2079648‑2079708 |                                                             gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3378376/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2584031/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2586290/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:26430/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2644973/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2695482/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3073573/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3074853/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3102721/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3261765/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:256791/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3459516/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3528461/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3630067/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:3645820/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:519674/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:530188/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:565212/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:712144/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:776358/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2005150/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1161353/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1187280/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:130961/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:134981/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1361287/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1418619/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:146886/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1612215/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:1972406/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:106590/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2064054/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2086737/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2126225/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2207592/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2244441/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2269142/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2278894/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2539093/61‑1 (MQ=255) gggTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACg  <  1:2559098/61‑1 (MQ=255) |                                                             GGGTTGCCGATAGTGTGCGGAACAGTCGCCGCCCAGGCGTCAAATTTTTCACGGTCAGACG  >  minE/2079648‑2079708

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑