Missing coverage evidence...
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CACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTGGAG  >  minE/2086158‑2086216 |                                                           cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:3103214/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2330384/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2342678/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2509944/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2723220/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2789668/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:28110/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2814570/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:3058929/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:309435/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:221461/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:3271533/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:336261/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:3618644/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:3619086/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:466532/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:583947/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:801640/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:913529/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1847341/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1152588/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1213139/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1351926/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1422118/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1540623/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1604759/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1657915/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1820437/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1005868/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1930816/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:193557/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1951237/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1976906/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2067568/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2115717/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2164490/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:2198210/1‑59 (MQ=255) cACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTgg    >  1:2320168/1‑57 (MQ=255) cACGCACTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTggag  >  1:1687371/1‑59 (MQ=255) |                                                           CACGCGCTATACTTAACGATAAAAAACGAGGAGGAAGCTCCTCGTTTTTGCTATTGGAG  >  minE/2086158‑2086216

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑