Missing coverage evidence...
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GCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGGC  >  minE/2183803‑2183864 |                                                              gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAgg                        >  1:408488/1‑40 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGttt      >  1:2087771/1‑58 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCg    >  1:2083466/1‑60 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3360193/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2905416/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2929421/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3004817/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3189721/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3207284/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3248012/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:333206/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2833464/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3371824/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3406814/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:3649767/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:392464/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:512961/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:830780/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:853706/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1909776/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1084686/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1086687/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1206594/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1347639/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1367273/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1383889/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1602890/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1877322/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2877431/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2150243/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:220945/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2385883/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2553378/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2657469/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:2798107/1‑62 (MQ=255) gcctgTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGgc  >  1:1031375/1‑62 (MQ=255) |                                                              GCCTGTATGGCGCGACCGGTGGTCGTCTGTATGCCGCAGGCCGCGCGGGTGAACGTTTCGGC  >  minE/2183803‑2183864

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑