Missing coverage evidence...
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CGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACAT  >  minE/2333332‑2333393 |                                                              cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGCCTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTa         >  1:3025751/1‑55 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATg                           >  1:3488218/1‑37 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGcac                        >  1:868510/1‑38 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTAtt                   >  1:3515303/1‑45 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTa         >  1:1699008/1‑55 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTAc        >  1:743576/1‑56 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3599446/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2997023/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3167619/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3219826/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3308249/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3368648/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3385625/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3393270/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3459954/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:3480617/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2957332/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:404805/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:595588/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:613880/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:667212/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:679826/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:895513/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:909800/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:98205/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2953083/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1127287/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1206157/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1296108/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1473545/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1491348/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1692076/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1736554/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:188603/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:1985416/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2172580/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2475730/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:258773/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2635861/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2644541/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:271448/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2723851/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2746116/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACt       >  1:2936573/1‑57 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACa   >  1:2847574/1‑61 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACAt  >  1:2485655/1‑62 (MQ=255) cGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACAt  >  1:1006026/1‑62 (MQ=255) cGCTTTACCCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACa   >  1:2839095/1‑61 (MQ=255) |                                                              CGCTTTACGCGTACGGCGGCGGTAGCTGACTACTATGCCCCTATTCGTTCCGGTACTGACAT  >  minE/2333332‑2333393

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑