Missing coverage evidence...
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CGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCAA  >  minE/2333915‑2333965 |                                                   cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGc     >  1:2485008/1‑48 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:519570/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:298809/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3046635/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3066070/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3161620/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3207483/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3521340/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:3535038/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:40487/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2520247/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:599093/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:653330/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:696144/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:74797/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:847431/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:900388/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:946166/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:961487/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1710522/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1193322/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1415804/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1550519/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1572175/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1599566/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1656876/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1697896/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1705983/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2936835/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1874823/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2040476/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2074213/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2203868/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2204700/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2231996/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:2420656/1‑51 (MQ=255) cGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCaa  >  1:1046337/1‑51 (MQ=255) |                                                   CGGACCTGGGGCTGCTGTCGCAGAGCCTGCCAGGTTACATGACGCTGCCAA  >  minE/2333915‑2333965

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑