Missing coverage evidence...
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GATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGAA  >  minE/2335069‑2335129 |                                                             gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3574651/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2818511/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2887332/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3182639/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3192503/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3226595/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3238321/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3240769/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3397596/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2796424/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:3586967/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:573753/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:640091/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:7263/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:786056/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:869462/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:963174/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1879832/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1194791/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1432778/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1702134/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:171194/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1767090/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1774220/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:181485/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1859182/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1107422/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:1916623/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2106154/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2299359/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2338401/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:263934/1‑61 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGa   >  1:2778986/1‑60 (MQ=255) gATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCAGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGaa  >  1:2170861/1‑61 (MQ=255) |                                                             GATAAGATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGTTTGAAACGCCGCTGGGAA  >  minE/2335069‑2335129

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑