Missing coverage evidence...
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CGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTA  >  minE/2336177‑2336237 |                                                             cGATAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAACCCCGCGGTTa  >  1:2166037/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATTAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:312478/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAGACCCGCGGTTa  >  1:3225436/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAAccc         >  1:2567822/1‑54 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3069687/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2948464/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3086860/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3149806/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3169553/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3185138/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3196116/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3224192/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3248254/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3260128/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3524970/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3541245/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:3561946/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:49919/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:52260/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2961507/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1064798/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2768984/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2718596/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2600591/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2572529/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2559280/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2512089/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2238726/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2182457/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:2057662/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1959012/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1958397/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1576255/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1575643/1‑61 (MQ=255) cGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTa  >  1:1473214/1‑61 (MQ=255) |                                                             CGAAAGAGTCGATGAAAACGCTGGCGAGCGAGCGCGTTGCTGAGCTGAAAACCCGCGGTTA  >  minE/2336177‑2336237

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑