Missing coverage evidence...
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CAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGA  >  minE/2386472‑2386533 |                                                              cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:3620243/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2581188/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2632410/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2657668/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2703374/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2880564/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2936395/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:3054359/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:3215278/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:3331179/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:3447719/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2447529/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:387756/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:496457/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:515635/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:562764/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:56439/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:697940/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:712055/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:736581/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:815851/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:93860/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1729590/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1194090/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1215284/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1228973/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1237825/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1286590/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1289293/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:133112/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1456815/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1483908/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1145822/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:1841538/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:207752/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2193459/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2245248/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2356410/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2359758/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2368429/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2383344/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAATAGAGAGTTTTGa  <  1:1201592/62‑1 (MQ=255) cAGATGGTTGCCGCGCGGAGGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGa  <  1:2182614/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGATGGTTGCCGCGCGGATGGGTATTGCCGCGCTACCGCATTGGGTAGTAGAGAGTTTTGA  >  minE/2386472‑2386533

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑