Missing coverage evidence...
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CATCGCTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTCA  >  minE/2442478‑2442539 |                                                              catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACt                            >  1:840579/1‑36 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAAc                >  1:1511499/1‑48 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTc      >  1:2427884/1‑58 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGtg   >  1:1230567/1‑60 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTc   >  1:3380940/1‑61 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTc   >  1:2547313/1‑61 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTc   >  1:3121488/1‑61 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTc   >  1:3159537/1‑61 (MQ=255) catcgcTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTc   >  1:1454938/1‑61 (MQ=255) 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|                                                              CATCGCTATCGACGGTGATGATGTCGTCGAGATACTCCTGGCATAAACGGAAGGTTTCGTCA  >  minE/2442478‑2442539

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑