Missing coverage evidence...
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CACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATGGG  >  minE/2442689‑2442750 |                                                              cACCTCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1351014/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGGCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:834236/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2663090/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2589607/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:268443/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2690692/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2756709/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2765961/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2815605/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3052937/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3215772/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3217901/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3400988/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:355388/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3581299/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:410504/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:576096/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:647040/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:784227/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1853543/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1095118/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1191621/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1205380/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1257241/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1345847/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1350866/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1595852/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1660695/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:107468/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:1983119/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:203706/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2220445/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2278339/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2297948/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2418119/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:2478065/1‑62 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATgg   >  1:256735/1‑61 (MQ=255) cACCGCCACGCCAGAAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATggg  >  1:3223565/1‑62 (MQ=255) |                                                              CACCGCCACGCCAGCAGCCAGACCGCCGCCGCCGACTGGCACAAATACGCGGTCGAGATGGG  >  minE/2442689‑2442750

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑