Missing coverage evidence...
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GGAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAACG  >  minE/2490419‑2490480 |                                                              ggAACTGGCGCCCCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:461142/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:3017330/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1024972/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2657292/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2714983/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2724961/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2799106/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2833503/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2849545/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2976983/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:3013355/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2487466/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:3123529/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:312583/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:3437150/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:3567963/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:364485/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:652101/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:902466/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:914735/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1936636/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1122807/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1140633/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1341436/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1427910/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1522539/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1635318/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1758781/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2476949/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1953450/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2124498/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2203501/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2244153/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2258298/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2331009/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2341888/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2363172/1‑62 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAc   >  1:1919983/1‑61 (MQ=255) ggAACTGGCGCACCTGATGACAATCCAGTTGATAAAGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:2663695/1‑62 (MQ=255) ggAACAGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCa                        >  1:3154611/1‑40 (MQ=255) ggAACAGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAAcg  >  1:1339958/1‑62 (MQ=255) |                                                              GGAACTGGCGCACCTGATGCCAATGCAGTTGATAACGCCAGAAGGGTTTACTTTACTCAACG  >  minE/2490419‑2490480

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑