Missing coverage evidence...
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AAGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAGCGG  >  minE/2521109‑2521153 |                                             aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3409777/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3023195/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3031582/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3057239/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3165217/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3176274/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3267554/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3288139/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3300114/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3310399/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3377217/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:339519/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2775219/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:350089/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3577194/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3631960/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:3633733/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:456854/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:48030/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:831761/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:843607/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:895490/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:927952/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1942354/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1111350/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1280945/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1309401/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1442418/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1574612/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:159539/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1709128/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1814720/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1938086/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1940452/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:1072312/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2061804/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2273425/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:227805/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2340333/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2344225/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2423408/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2696102/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2699280/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2734676/45‑1 (MQ=255) aaGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAgcgg  <  1:2745958/45‑1 (MQ=255) |                                             AAGCGGAATTACCCTTCGTCACCGATGGCGTAGTTGTACGAGCGG  >  minE/2521109‑2521153

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑