Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2540647	2540666	20	10 [0]	[0] 50	rfaY	lipopolysaccharide core biosynthesis protein

ATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTT  >  minE/2540667‑2540728 |                                                              aTTACGGTAAATTGATTCTTTAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2540746/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAGGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1575769/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:46749/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2964128/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3105542/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:310974/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3130936/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3192419/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3240543/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3365444/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:341963/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3502173/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:3631162/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:427765/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2833044/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:55012/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:554907/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:58093/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:5833/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:588591/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:612372/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:613722/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:791935/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:798917/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:871369/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:895443/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2216002/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1040375/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1326693/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1372360/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1479622/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1590426/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1713359/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1817137/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1995051/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2044033/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:207776/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:220875/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2921943/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2320122/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2341363/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2357902/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2385343/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2397810/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2430671/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2435607/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2479059/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:2518990/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:282622/62‑1 (MQ=255) aTTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCttt  <  1:1007252/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTT  >  minE/2540667‑2540728

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑