Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2661390	2661391	2	2 [0]	[0] 36	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

AGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGCCC  >  minE/2661392‑2661452 |                                                             aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:467131/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2896701/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2977443/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:3078453/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:3123052/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:3201249/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:3410868/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:347884/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:397388/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2890257/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:478068/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:50075/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:571347/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:618036/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:823272/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:86767/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:874873/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:997552/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1857877/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1063803/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1158100/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1208522/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1368970/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1444990/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:16910/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1802855/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1011661/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1863195/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1889114/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2170091/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:221921/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:236549/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2488472/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2672399/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:2754764/61‑1 (MQ=255) aGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGGCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGccc  <  1:1809161/61‑1 (MQ=255) |                                                             AGCGATAACGTGTTCCAGTTGCATACGGTCGAAGAGATCGATGTTTTCTGCCTCTGCGCCC  >  minE/2661392‑2661452

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑