Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2662792	2662795	4	2 [0]	[0] 49	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

ACCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATC  >  minE/2662796‑2662838 |                                           aCCGGCAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTa        >  1:151936/1‑37 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGatat   >  1:1838508/1‑42 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGataac  >  1:350147/1‑41 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:3609346/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2467287/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2574455/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2792576/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2955985/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2968257/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2980575/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:3070201/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:3207220/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:333380/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:3496011/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:243012/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:3628053/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:460771/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:494546/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:588222/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:64750/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:663149/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:681501/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:747933/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:78118/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:849517/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1838405/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1032867/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1083202/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1122465/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1157671/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1160830/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1252411/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1332482/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1409302/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1583771/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1769142/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1786383/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2463754/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1989713/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1991699/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1998349/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2010784/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2036817/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2248130/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2359392/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2384480/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2392869/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:1025204/1‑43 (MQ=255) aCCGACAAAGCCAAAAGACACTGTTTTACGCATCTTAGATATc  >  1:2519023/1‑43 (MQ=255) |                                           ACCGACAAAGCCAAAAGCCACTGTTTTACGCATCTTAGATATC  >  minE/2662796‑2662838

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑