Missing coverage evidence...
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ACGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGTT  >  minE/2682731‑2682772 |                                          aCGCAGTCCGGCAGGGTCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2894173/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGGAGATCGTGCAGGtt  <  1:3148796/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:38613/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:292277/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3094712/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3208723/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3213415/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3278417/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3352081/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3477669/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3512573/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3522272/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:3562165/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2882187/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:417178/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:573898/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:59832/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:661793/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:682821/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:727224/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:751700/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:856245/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:861953/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:909438/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:959671/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1663281/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1004794/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1090244/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:116202/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1170726/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1180130/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1181080/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1300368/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1409801/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1588075/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1638599/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1651944/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1653934/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1000608/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1705912/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1711936/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1878675/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:1929866/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2149854/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2170237/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2479756/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2586110/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2589489/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2803286/42‑1 (MQ=255) aCGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGtt  <  1:2828129/42‑1 (MQ=255) |                                          ACGCAGTCCGGCAGGGGCCGCCATCAGCAGATCGTGCAGGTT  >  minE/2682731‑2682772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑