Missing coverage evidence...
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CCGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCT  >  minE/2691105‑2691166 |                                                              ccGTCGTCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3564663/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGTCt  <  1:2061444/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:344261/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3044936/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:305583/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3069998/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3158593/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3226899/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3241427/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3389286/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3391614/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:2699534/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3471852/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:3582533/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:703534/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:812295/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:880341/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:893085/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:896760/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1498601/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1020392/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1259933/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1321277/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1366199/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1370515/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1440391/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1460486/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1017603/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1564912/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1579688/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1581017/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1645237/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1821148/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:1999388/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:2245721/62‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:2349429/62‑1 (MQ=255) ccGTCACCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCt  <  1:378476/62‑1 (MQ=255) |                                                              CCGTCGCCCTGCAGCTGTACGGTGATATCACCATCAAACTTCAGCGTAGCGGTTAACAGGCT  >  minE/2691105‑2691166

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑