Missing coverage evidence...
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CCAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCG  >  minE/2692439‑2692498 |                                                            ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATACCCTGCCGCGCAAACgtgt        >  1:1657746/1‑54 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCaa              >  1:2498451/1‑48 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTAtt    >  1:2355873/1‑58 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTc   >  1:2529470/1‑59 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTc   >  1:2557653/1‑59 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3536850/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2364348/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2768883/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3077845/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3127556/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3236992/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3409524/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2342624/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3592197/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:3605484/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:36840/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:382925/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:443311/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:588832/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:787503/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:841351/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2093588/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1174497/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1186972/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1355893/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1401009/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1520253/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1834590/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2054862/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:1139761/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2097078/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2136692/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:214682/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2148726/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2208424/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2209147/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2319915/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCg  >  1:2338568/1‑60 (MQ=255) ccAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTCTTATTCg  >  1:1316847/1‑60 (MQ=255) |                                                            CCAGAGTGAAGCAATTTGCGCGACAGGGTAGCATAACCTGCCGCGCAAACGTGTTATTCG  >  minE/2692439‑2692498

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑