Missing coverage evidence...
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GCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGAA  >  minE/253907‑253968 |                                                              gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCt           >  1:2579698/1‑53 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGa         >  1:3260164/1‑55 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:3556100/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2579247/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2703618/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2855062/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2925838/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:3122681/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:3242702/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:3543794/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2460480/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:3642421/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:470257/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:560391/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:651184/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:667326/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:788611/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:865177/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:868447/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1637079/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1090948/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1125043/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1169142/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:133117/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1406423/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1432673/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1456736/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1539576/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1601124/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1057884/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1731914/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1933193/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:1938549/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2090347/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2408153/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2412426/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2420102/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGaa  >  1:2448191/1‑62 (MQ=255) gCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACAGTCCGGACGAAGACGCTGAc        >  1:3329640/1‑56 (MQ=255) |                                                              GCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGAA  >  minE/253907‑253968

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑