Missing coverage evidence...
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CCATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCT  >  minE/2801433‑2801475 |                                           ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:32846/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2659089/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2694203/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2707326/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2730773/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2768308/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2779756/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2821778/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:287812/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:294996/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:3118055/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:3146640/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2635607/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:3314648/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:3350278/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:3540147/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:449297/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:484773/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:611964/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:669766/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:718501/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:873668/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:998060/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2013026/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1540043/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1587611/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1589568/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1597380/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1604743/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1629525/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1661036/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:169772/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1888610/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:1965920/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:140664/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2058272/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2136587/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2284975/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2318305/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2339741/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2359788/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2523597/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2607725/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCACGGTATTCCt  <  1:23160/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGTTGGGCGTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2549669/43‑1 (MQ=255) ccATATTACCCGGCATATGGTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:589598/43‑1 (MQ=255) ccATATCACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCt  <  1:2257174/43‑1 (MQ=255) |                                           CCATATTACCCGGCATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCT  >  minE/2801433‑2801475

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑