Missing coverage evidence...
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CGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAG  >  minE/2801791‑2801851 |                                                             cgcgCTGGTTGTGGCGACGGGCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:204303/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCGTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1857431/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3626653/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3010017/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3050408/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3112215/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3276425/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3310764/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3355941/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3384546/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3468405/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3523219/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:358368/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:3588419/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2762920/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:443659/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:493199/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:517370/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:548527/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:585737/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:672112/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:780719/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:796797/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:832845/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:907661/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1946520/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1159025/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1165786/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:119285/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1197373/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1347723/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:150603/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1613004/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1615248/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1698259/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1917195/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2818684/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1980276/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2024832/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2108449/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2237775/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2338598/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2498809/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2640444/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2652900/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2659611/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:2717659/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAg  <  1:1062821/61‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGAAGATTAAg  <  1:39099/61‑1 (MQ=255) |                                                             CGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAG  >  minE/2801791‑2801851

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑