Missing coverage evidence...
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GTCAGCGGTGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTG  >  minE/2827336‑2827397 |                                                              gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2524409/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:963972/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:654168/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:596344/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:457651/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:3641558/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:3487630/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:3464432/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:3155336/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:3153722/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2956783/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2859478/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2753978/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2545063/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2532921/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2511914/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2446362/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2346788/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2275283/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:2193501/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:211268/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1962754/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1789967/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1785769/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1736699/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:140981/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1311817/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:1208327/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGCTGCAGCCTg  <  1:1182717/62‑1 (MQ=255) gtcagcggtGAAACGTTCAGTGCAAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTg  <  1:147436/62‑1 (MQ=255) |                                                              GTCAGCGGTGAAACGTTCAGTGCCAGAGCCATCGGCATCAGTGCTTTTGCGGTTGCAGCCTG  >  minE/2827336‑2827397

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑