Missing coverage evidence...
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CGTCCGTCTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGACT  >  minE/2870295‑2870356 |                                                              cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGAtggtctgg                             >  1:2742493/1‑35 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCTCTGGACAATGact  >  1:1200780/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATg     >  1:714757/1‑59 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:3578775/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:243924/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2706282/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2899221/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2913207/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:3085773/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:3379220/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:3407238/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2235834/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:3613678/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:467645/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:601121/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:603412/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:774698/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:953127/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1526266/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1105520/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1151109/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1283884/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1345882/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1365843/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1451278/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1515401/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2345435/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1529781/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1689762/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1820111/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:1831486/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2115922/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:2174124/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGact  >  1:103460/1‑62 (MQ=255) cgtccgtcTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGac   >  1:1422493/1‑61 (MQ=255) |                                                              CGTCCGTCTGGACGACTTGTTCATTGATGGTCTGGTCCATGTCTCTTCGCTGGACAATGACT  >  minE/2870295‑2870356

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑