Missing coverage evidence...
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GGGGGCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTCC  >  minE/2906116‑2906177 |                                                              gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCa              >  1:2421266/1‑50 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTtttt    >  1:1537518/1‑60 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3121642/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:382337/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:379582/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3620863/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3575516/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:357067/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3505610/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3469146/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3459000/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3400656/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3286521/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3184106/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:3166794/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:66470/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:298841/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:2921363/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:682237/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:2511526/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:2413100/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1339295/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1955307/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1910504/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1901432/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1829397/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTcc  >  1:1728009/1‑62 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:993768/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:639965/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:534225/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:515809/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:419778/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:3553782/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:3277628/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:3064624/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:2655856/1‑61 (MQ=255) gggggCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTc   >  1:2356636/1‑61 (MQ=255) |                                                              GGGGGCGCAATTGCGCCCCGAAGAAAATTAAACAATGTCCAGCGTGCCCAGGCGGTATTTCC  >  minE/2906116‑2906177

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑