Missing coverage evidence...
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ACAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCT  >  minE/315468‑315529 |                                                              aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3223546/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2775537/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2818261/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2843170/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2861724/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2882035/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:307181/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3125465/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3196145/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:277077/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3275070/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3388534/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:3542915/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:370081/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:446424/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:815512/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:954538/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1056726/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:268196/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2652479/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2616420/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2548613/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2543061/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2038973/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:2021430/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1985656/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1908239/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1749619/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1695283/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1545928/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1545402/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1508936/62‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCt  <  1:1467388/62‑1 (MQ=255) |                                                              ACAGCCAGCTGGTTTCGTTACAGACGCAGCCCGAACGCGTGCAAAATGCGATGTATAACGCT  >  minE/315468‑315529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑