Missing coverage evidence...
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CCACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACTT  >  minE/412938‑412999 |                                                              ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3494912/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2866944/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2887303/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2933144/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2988550/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3038717/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3056925/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3211857/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3247330/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3270986/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2862622/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3501376/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:3620194/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:43288/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:484825/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:573770/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:757517/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:791027/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:879546/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:915680/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2042912/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1083878/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1218830/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1431310/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1499475/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1619652/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:16300/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1725266/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1748980/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2029897/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:1037006/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:204652/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2046976/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2128109/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2359428/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2410280/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:243495/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2598411/62‑1 (MQ=255) ccACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACtt  <  1:2738921/62‑1 (MQ=255) |                                                              CCACGCATCGTTGGAGATAGTCAGCAGATAGTCGGTATCCGGGCGGAAGTTATCGCGCACTT  >  minE/412938‑412999

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑