Missing coverage evidence...
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AGCCAGCAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCAA  >  minE/552562‑552622 |                                                             agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:2104252/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:938616/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:853191/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:41536/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:409291/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:3532400/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:3347273/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:3118056/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:3022923/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:2675942/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:262094/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:104237/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1983783/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1871750/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1785646/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1711390/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1688065/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1553105/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1447004/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1302435/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1274681/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1130208/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCaa  <  1:1105854/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGGTGAGTTCaa  <  1:554000/61‑1 (MQ=255) agccagcAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGATGAGTTCaa  <  1:3321300/61‑1 (MQ=255) |                                                             AGCCAGCAGCTATGCAGCATCTCGATGGCGTGTTCGCGATCCAGCGTCTGGTTGAGTTCAA  >  minE/552562‑552622

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑