Missing coverage evidence...
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CGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGCCC  >  minE/563241‑563302 |                                                              cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAgg                >  1:1698866/1‑48 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2565284/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:97483/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:480110/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:47068/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:3629376/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:3575422/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:3271972/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:3132863/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2953583/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2733017/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2695531/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2628223/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2602229/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1117723/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2069916/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:2032072/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1852179/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1791278/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:178407/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1607824/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:156818/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1563694/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1524782/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1450688/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1359273/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGccc  >  1:1229312/1‑62 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGcc   >  1:3120843/1‑61 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGcc   >  1:3423519/1‑61 (MQ=255) cGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGcc   >  1:1169200/1‑61 (MQ=255) |                                                              CGATGATTGTCCCTGCCAGCGTCAGCAGGACGTTGGCGATTGCATAGGTGCCCGCATAGCCC  >  minE/563241‑563302

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑