Missing coverage evidence...
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CTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATC  >  minE/564422‑564483 |                                                              cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGATAGCTGCCTGCttt                           >  1:1660367/1‑37 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1975853/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:893421/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:654771/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:571381/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:481553/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3470594/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3400055/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3362270/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3220533/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3217289/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3036224/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:3017483/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:2965213/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:2441095/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:2134684/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1002273/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1974955/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:195230/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1941652/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1846103/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1834706/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:175265/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1705449/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1648389/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1405412/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1310353/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1284662/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1214308/1‑62 (MQ=255) cTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATc  >  1:1212958/1‑62 (MQ=255) |                                                              CTCAGATTATCCAGTGCCAGTGAGAGCTGCCTGCTTTCCATGCCGGAATGACGCAGTGTATC  >  minE/564422‑564483

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑