Missing coverage evidence...
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TGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGAACAA  >  minE/628725‑628786 |                                                              tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCt          >  1:1162544/1‑54 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGtacaa  >  1:308330/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:692475/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3213408/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3253806/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3305836/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3331186/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3381305/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3427566/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:362921/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:46829/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:61137/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:311904/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:70183/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:780514/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:795558/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:827678/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:872993/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:949616/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:982186/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:99924/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2347041/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1093307/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1121959/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1215551/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1496669/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1650937/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:195240/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1995758/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2016618/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3181480/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2537767/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2578403/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2580964/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2726763/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2960938/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:2980718/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:3109041/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaacaa  >  1:1059373/1‑62 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaaca   >  1:428883/1‑61 (MQ=255) tGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGaaca   >  1:1269442/1‑61 (MQ=255) |                                                              TGGAGCGGATGCGTGGTGTTTCGGTGGAGGCACCAGCCCGAACACCAGAACGCTGGGAACAA  >  minE/628725‑628786

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑