Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	825309	825310	2	99 [0]	[0] 57	ychN/ychP	conserved hypothetical protein/predicted invasin

CATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATC  >  minE/825311‑825349 |                                       cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:532084/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2857935/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2972031/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2989374/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3048365/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3052139/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3082701/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3265969/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3551774/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3560115/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3574266/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:3631427/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:412061/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:455194/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:463136/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2702214/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:539033/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:585366/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:674690/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:676882/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:738310/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:767193/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:774346/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:776461/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:786605/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:827685/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:860542/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:996156/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:998255/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1805191/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1024128/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:108613/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1090690/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1112905/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1282988/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1299394/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1361340/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1413489/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1487912/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1506579/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1513953/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:162574/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1659557/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1007319/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1807167/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1833741/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1927863/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1956907/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:1978642/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2023291/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2044583/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2068860/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2149858/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2311847/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2371481/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2667406/39‑1 (MQ=255) cATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATc  <  1:2678719/39‑1 (MQ=255) |                                       CATCTTCTATCTTACTGCTTCTGCAGCGTCTGACCAATC  >  minE/825311‑825349

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑