Missing coverage evidence...
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TGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCA  >  minE/946206‑946250 |                                             tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:399336/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2853672/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2915116/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2954383/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3116053/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:341977/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3435022/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3457313/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3499318/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3518812/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3538223/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3584118/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:3642843/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2844404/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:430442/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:461906/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:497906/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:551930/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:684639/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:703970/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:777500/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:803740/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:826570/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:937328/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:979197/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1870130/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1090649/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1191759/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1238774/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1419961/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1445150/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1463952/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1552975/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:16494/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1709458/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1775391/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1843034/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1045514/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1899332/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:1962039/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2083514/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2255334/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2317164/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2355910/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2363642/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2415799/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:257916/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2669201/45‑1 (MQ=255) tGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCa  <  1:2826889/45‑1 (MQ=255) |                                             TGGTCGGTGGTCGCAAGCGCATTGCGCAGTAACTTATCGACCTCA  >  minE/946206‑946250

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑