Missing coverage evidence...
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TGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTC  >  minE/952612‑952672 |                                                             tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:3615940/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2724911/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2759479/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2797891/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:287842/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:296568/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:3082815/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:310573/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:3300776/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2668079/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:3617625/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:3620809/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:442213/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:531932/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:758188/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:806758/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:901027/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:970234/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2656249/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:111252/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1128144/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1187989/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1280334/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1368492/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1388889/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1428074/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1494016/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1505579/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1848777/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1920039/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2045356/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2157994/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2240357/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:228737/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:2432160/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTc  <  1:1010397/61‑1 (MQ=255) tGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGCTTTATTCAGATAGTc  <  1:3338414/61‑1 (MQ=255) |                                                             TGCCCCAGCGACTTTGCAGATAGCTGACCGCTTGTTGAGTCTGCGGTTTATTCAGATAGTC  >  minE/952612‑952672

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑