Missing coverage evidence...
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TCATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTGG  >  minE/958312‑958350 |                                       tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3414594/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2530753/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2609777/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2636167/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2730658/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2761139/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2777191/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:288747/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2916162/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2946568/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3069092/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3264437/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3308551/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3312693/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3361136/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2524734/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3513397/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:3566337/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:367998/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:518265/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:518692/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:556531/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:614551/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:678429/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:734439/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:751783/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:763436/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:793736/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:857408/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:901290/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1844478/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1137946/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1213006/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1241567/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1262180/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1333908/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1335416/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1378045/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1470073/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1485222/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1553305/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1682045/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:172457/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1737641/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1769195/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1804749/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1040277/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1852915/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1881550/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1918990/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1929715/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:1990892/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2049568/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2146866/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2217376/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:234411/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:239750/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2416467/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2464596/1‑39 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTg   >  1:3169298/1‑38 (MQ=255) tcATACATCTGCTGGGCGAACTTCTCCGCTGGACGCTgg  >  1:2265547/1‑39 (MQ=255) |                                       TCATACATCTGCTGGGCGAATTTCTCCGCTGGACGCTGG  >  minE/958312‑958350

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑